Był niegdyś wśród profesorów krakowskiej Alma Matter uczony, którego po kilku wiekach jego koledzy po fachu, także profesorowie tej samej wszechnicy, pragnęli wynieść na ołtarze, lecz nie tylko jako świętego, ich ambicje były tak daleko posunięte by postawić go na równi ze świętymi: Augustynem, Ambrożym, Grzegorzem Wielkim- papieżem i Hieronimem. Mieli na celu krakowscy wykładowcy wynieść jednego spośród swoich do godności doktora kościoła. Miejscem szczególnego kultu tegoż uczonego jest jego miejsce spoczynku- Kolegiata Uniwersytecka pod wezwaniem świętej Anny Samotrzeć w Krakowie.
W dniu 24 czerwca 1390 roku w małej miejscowości, leżącej w ziemi oświęcimskiej, ławnikowi miejskiemu Janowi Waciędze i jego żonie Annie, narodził się syn. Jako, że przyszedł na świat w dniu świętego Jana Chrzciciela, sam sobie przyniósł imię, toteż na chrzcie dano mu Jan. Mało jest relacji dotyczących jego lat młodzieńczych. Żywoty świętych, jak to z nimi zazwyczaj bywa określają go jako pobożnego, skromnego, unikającego pociech i pokus, niosącego radość swym rodzicom swoją pracowitością i pilną nauką. Z pewnością pochodził z dość zamożnej rodziny, co pozwoliło mu na ukończenie edukacji gramatyki w stopniu podstawowym i wysłanie go do jednej z większych, wówczas, europejskich uczelni. Uczelnią tą było krakowskie Studium Generale, które dopiero co zostało odrestaurowane z funduszy testamentowych Jadwigi Jagiełłowej. Na listę żaków został wpisany dość późno, bowiem miał już 23 lata, miało to miejsce w roku 1413, najprawdopodobniej pod dniem 16 czerwca. Osiągnął tu wszelkie możliwe stopnie naukowe. Wstąpił na wydział Artium, który dziś określilibyśmy mianem filozofii. W roku 1415 uzyskał stopień bakałaża, czyli obecnego magistra, zaś 3 lata później, w roku 1418- stopień magistra, dziś utożsamianego z doktoratem. Wkrótce potem przyjął święcenia kapłańskie, jednocześnie obejmując funkcję wykładowcy na krakowskiej wszechnicy. Jako, że w owych czasach stanowisko wykładowcy było bezpłatne, Jan musiał się utrzymywać dając prywatne lekcje i udzielając posługi kapłańskiej.
W roku 1421, na prośbę bożogrobców spod krakowskiego Miechowa, Akademia wysyła go tam aby objął kierownictwo szkoły klasztornej, gdzie był odpowiedzialny za kształcenie kleryków. Jan spędził tam osiem lat, w wolnych chwilach kopiował rękopisy doktórów kościoła, przede wszystkim dzieł świętego Augustyna, ale również świętego Tomasza jak i Arystotelesa. Interesował się również muzyką, odnaleziono bowiem fragmenty jego kompozycji dwugłosowych pieśni. Gdy tylko usłyszał o wakacie na krakowskiej uczelni na stanowisku wykładowcy filozofii- wrócił do stolicy. Życie na uczelni dawało oprócz samego rozwoju intelektualnego, pewną stabilizację. Profesorowie, żyjąc wówczas w kolegiach, spędzali czas jak w zakonie; razem mieszkali, razem jedli, nawet ich mieszkania określano mianem cel. Funkcjonowanie takie dawało zarówno dach nad głową i wyżywienie. Prowadził, jako członek Kolegium Większego, wykłady z zakresu filozofii i jednocześnie rozpoczął studia z zakresu teologii. Nawarstwienie obowiązków spowodowało, że studia te trwały aż 13 lat. Stopień bakałarza zdobył w roku 1439, zaś magistra w 1443, mając 53 lata. Jednocześnie w roku 1439 roku został kanonikiem i kantorem kolegiaty świętego Floriana w podkrakowskim Kleparzu i probostwo w Olkuszu. Nie był jednak w stanie pogodzić obowiązków duszpasterskich i uniwersyteckich. Po kilku miesiącach zrzekł się probostwa w Olkuszu. Hagiografowie zgodnie podkreślają, że beż żalu zrezygnował ze sporych dochodów. Fakt, że został wybrany na kantora, świadczy, że musiał znać się na muzyce. Urząd ten nakładał bowiem obowiązek opieki nad muzyką i śpiewem liturgicznym. Z nielicznych zapisków wiemy, że komentował logikę, potem fizykę i ekonomię Arystotelesa. Na tym wydziale piastował także urząd dziekański w półroczach zimowych: 1432/1433, 1437/1438 oraz w półroczu letnim 1438. Od roku 1434 sprawował także urząd rektora Kolegium Większego.
Po uzyskaniu stopnia magistra (mistrza) teologii w roku 1443 Jan Kanty poświęcił się do końca życia wykładom z tej dziedziny. Ze względów finansowych nigdy nie odbył promocji doktorskiej. Pośród tych rozlicznych zajęć Jan znajdował jeszcze czas na przepisywanie manuskryptów. Jego rękopisy liczą łącznie ponad 18 000 stron, na łączną ilość 25 tomów. Biblioteka Jagiellońska przechowuje je w 15 grubych tomach, pozostałe dziesięć znajduje się w archiwach watykańskich, gdyż służyły do procesu kanonizacyjnego. Część z nich znajduje się w Bibliotece Watykańskiej. Własnoręcznie przepisał 26 kodeksów i wiele pism starożytnych opatrując je nadzwyczaj erudycyjnym komentarzem i interpretacją. Zajmował się też interpretacją Pisma Świętego, zwłaszcza Ewangelii według świętego Mateusza, do której przypisywano mu wielki komentarz, omyłkowo, gdyż był on dziełem jego mistrza i nauczyciela Benedykta Hessego. Każdy manuskrypt zaczynał się wezwaniem: „W imię Boże!”, kończył się natomiast krótkim dziękczynieniem: „Bogu dzięki i Matce Bożej, chwalebnej Dziewicy wraz z całym zastępem niebieskim aż po wszystkie wieki. Amen”. W dokumentach podpisywał się najczęściej (znamy 60 jego podpisów) po łacinie jako Jan z Kęt (Johannes de Kanti, Johannes de Kanty, Johannes Kanti i Joannes Canthy).Zapewne sprzedawał je nie tyle na swoje utrzymanie, gdyż miał je wystarczające, ile raczej na dzieła miłosierdzia i na pielgrzymki.
Jest rzeczą pewną, że w roku 1450 udał się do Rzymu, aby uczestniczyć w roku świętym i uzyskać odpust jubileuszowy. Prawdopodobnie do Rzymu pielgrzymował około czterech razy, aby w ten sposób okazać swoje przywiązanie do Kościoła i uzyskać odpusty. Dyskusyjna jest natomiast pielgrzymka do Ziemi Świętej, o której piszą niektórzy biografowie. Niewykluczone, że Jan Kanty pielgrzymował nie do grobu świętego, ale do jego kopii w miechowskim kościele bożogrobców.
Słynął jako mędrzec godzący wiarę i naukę, a co czerpał z ich obu wcielał w życie. Piotr Skarga pisał o nim:
„W zachowaniu postów był pilny, w cierpliwości łaskawy, w wierze pomocny, w miłości gorący, w pokorze niski, w rozmyślaniach tajemnic Bożych wysoki, w oczekiwaniu mocny, w wytrzymałości mężny. Św. Jan był profesorem, opiekunem młodzieży uniwersyteckiej, ojcem ubogich, patronem wielu uniwersytetów i kolegiów. Nauka była dla niego jednym ze środków prowadzących do ideału świętości. Innym była pokora, a jeszcze innym – pogarda dóbr materialnych.”
Przez stulecia osoba profesora obrosła w szereg legend, z których części przypisuje się autorstwo Wincentemu Polowi. Ale legendy mające wymiar dydaktyczny i symboliczny zawsze towarzyszyły osobom uznawanym za święte by tłumaczyć świętość ich życia maluczkim.
Jedna z opowieści mówi, że w czerwcu 1464 r. przechodząc przez rynek krakowski sędziwy profesor Akademii Krakowskiej zobaczył płaczącą dziewczynę. Czuły na nieszczęście bliźnich zainteresował się powodem jej smutku. Okazało się, że dziewczyna rozbiła dzban, w którym niosła mleko. Płakała lękając się kary, jaką spodziewała się ponieść z ręki srogiej pani, u której była służącą. Święty zebrał skorupy i zaczął się modlić. Nieoczekiwanie dzban w cudowny sposób zrósł się. Służąca zgodnie z poleceniem dobroczyńcy napełniła naczynie wodą z płynącej pod murami miasta Rudawy. Jan Kanty pomodliwszy się nad dzbanem, oddał go dziewczynie. Był pełen mleka.
Gdy w Święta Bożego Narodzenia, idąc w nocy na Jutrznię, Jan Kanty spotkał leżącego na ulicy żebraka, który drżał cały z zimna i prosił o zlitowanie, nie namyślając się wiele ściągnął z siebie płaszcz i okrył nim biedaka. Legenda głosi, że po powrocie do domu znalazł tę szatę w swym mieszkaniu, którą miała przynieść sama Matka Boża, żebrak zaś uosabiał jej syna- Chrystusa.
Podczas pieszej wędrówki przez podkrakowskie wsie św. Jan z Kęt spotkał żeńców ścinających zboże. Chłopi chętnie wdali się w rozmowę z wędrowcem, a gdy zorientowali się, że od rana nic nie jadł, podzielili się z nim własnym posiłkiem. Wdzięczny profesor podarował im obraz NMP. Umieszczony w miejscowym kościele wizerunek Matki Bożej Lisieckiej zasłynął wieloma cudami.
Inna opowieść tłumaczy jego prawdomówność i idee, że prawda ma stać ponad wszystko. Otóż wracając raz przez las do Krakowa napadli go zbójcy i zażądali pieniędzy. Jan oddał im z kiesy wszystko co miał. Kiedy zapytali go czy nie ma nic więcej, odparł, że oddał wszystko. Puścili Jana zbójcy wolno, a ten po chwili przypomniał sobie, że pod sutanną ma schowanych jeszcze kilka czerwonych złotych. Wrócił więc do zbójców, przeprosił, że nieumyślnie ich oszukał bo jeszcze trochę monet i wyciągnął ku nim dłoń by je zwrócić. Ci jednak zdziwili się tak niezmiernie, że nie dość, że nie wzięli tych pieniędzy, ale oddali jeszcze te, które zrabowali wcześniej.
Ponoć na ścianie swej celi w Collegium Maius miał wyryć sentencję:
„Strzeż się cudzej czernić sławy: Bo ciężka rzecz do naprawy. Strzeż się wchodzić z bliźnim w zwady: Przykre jednania przykłady”.
Kiedy przy wspólnym posiłku, a takie odbywali profesorowie, został poinformowany o tym, iż pod uczelnią żebrak prosi o jedzenie, wstał od stołu i zaniósł mu co miał na talerzu. Kiedy wrócił jego talerz był na nowo pełny. Od tej pory gdy, któryś z profesorów wołał: „ubogi idzie”, on odpowiadał: „Chrystus idzie”. I już zawsze stawiano dodatkową zastawę przy posiłkach na wypadek wizyty kogoś głodnego.
Wszelkie opowieści o Janie Kantym mają potwierdzić jego życie ascetyczne, służbę za pomocą jałmużny, wartości prawdy, łączeniu wiary z nauką.
Nieznane zupełnie jest ostatnie dwadzieścia lat jego życia. Być może wówczas odbył owe domniemane pielgrzymki do Rzymu i do Ziemi Świętej. Zmarł dożywszy 83 lat, w dniu Wigilii Bożego Narodzenia czyli 24 grudnia 1473 roku. Urodził się i odszedł w piątek, dzień męki pańskiej, której przez całe życie był czcicielem. Pochowano go w ówczesnym gotyckim kościele świętej Anny pod amboną. Niemalże natychmiast za jego sprawą dochodziło do licznych cudów. Maciej Miechowita pod rokiem 1512 pisze:
„Po śmierci aż do roku Pańskiego 1512, wielu chorych którzy się do niego obiecywali, do ozdrowienia przychodziło; było ich w liczbie 83; od febry wybawionych 13, powietrzem zarażonych 5, umierających 6, prawdziwie umarłych 6, szalonych 6, opętany 1, bydląt umierających para. Chwała Tobie Chryste, który tak w doktorze naszym chwalebnym się stajesz.”
Niedługo po śmierci jego relikwie, bo powszechnie uważano go za świętego przeniesiono spod ambony do prezbiterium. Był osobistością znaną w ówczesnym Krakowie i niezwykle cenioną, nie tylko wśród uczonych, ale również wśród prostego ludu miejskiego. Dwa lata po śmierci zaczęto spisywać cuda jakie działy się za wstawiennictwem krakowskiego teologa. Jaki pierwszy czynił to proboszcz kościoła świętej Anny- Maciej z Kościana. Na 25 stronach spisał aż 92 cuda przypadające na lata 1475-1483. Dzięki temu uzyskano pozwolenie na przeniesienie szczątków spod ambony w okolice presbiterium. 10 lat później postawiono w kościele kamienny grobowiec z przedstawieniem profesora, który obecnie znajduje się w jego dawnym mieszkaniu w muzeum Collegium Maius. Kolejni proboszczowie również skrupulatnie spisywali cuda jakie działały się później. Za sprawą Bartłomieja z Sienna oraz Piotra Lubarta z Krakowa powstał w latach 1475-1518 największy zapis cudów liczący 127 zeznań.
Coraz więcej pielgrzymów przybywało do grobu świętego i to nie tylko z kraju, ale tez z Czech, Włoch i Francji. Wśród polskich dostojników, którzy powierzali się pod opiekę Jana Kantego należy wymienić: kardynał Jerzy Radziwiłł, kardynał Bernard Maciejowski, Zygmunt III Waza, Michał Korybut Wiśniowiecki. Dwukrotnie miejsce pochówki odwiedził król Jan III Sobieski, uczynił to przed odsieczą wiedeńską, oraz dzieńkczynnie po niej, w 1683 roku, ofiarowując u grobu świętego dwa tureckie buńczuki, które wiszą tam do dziś.
Kiedy od trzech wieków czczono relikwie Jana, modlono się doń, spisywano liczne cuda za jego sprawą czynione, należało się w końcu postarać by umieszczono go w brewiarzu oficjalnie. Podjęto kroki do procesu beatyfikacyjnego. Roku pańskiego 1621 synod biskupi w Piotrkowie wniósł prośbę do Stolicy Apostolskiej o rozpoczęcie procesu kanonizacyjnego. W roku 1625 napisano żywot Jana z Kęt niezbędny do wszczęcia procedury, którą datuję się na rok 1628. Beatyfikacji w Rzymie dokonał papież błogosławiony Inocenty XI w dniu 27 września 1680 roku.
Tym czasem w Krakowie profesorowie Akademii chcąc uczcić fakt wyniesienia na ołtarze jednego ze swoich rozpoczęli, nie szczędząc środków, budowę nowej kolegiaty uniwersyteckiej będącej zarazem mauzoleum nowego błogosławionego. Był to okres gdy Akademia Krakowska stała w sprzeczności z rezydującymi tu Jezuitami i z nimi konkurowali, tym bardziej, iż Jezuici mieli swojego polskiego świętego w osobie Stanisław Kostki, kanonizowanego w 1602 roku. Teraz Akademia mogła poszczycić się własnym świętym. Jako, że Jezuici posiadali piękną i wielką świątynię przy ulicy Grodzkiej, to profesorowie chcieli ich prześcignąć ale i podkreślić inną drogę niż ta którą proponował zakon. W latach 1689 do 1695 wybudowano nowy kościół wedle projektu Tylmana z Gameren. Świątynia pod wezwaniem świętych Piotra i Pawła wzorowana była na rzymskim, jezuickim kościele Ill Gesu, to nowo powstała bazylika świętej Anny była wzorowana Sant Andrea Della Valle, którym zarządzali Teatyni- konkurenci Jezuitów.
Gorzej przedstawiała się sprawa z samą kanonizacją uczonego. W dniu 17 sierpnia 1740 roku na stolicę piotrową powołany jest nowy papież- kardynał Prospero Lorenzo Lambertini, który przyjmuje imię Benedykta XIV. Za czasów kardynalskich był członkiem aż pięciu kongregacji, w tym odpowiedzialnej za procesy kanonizacyjne Kongregacji do spraw Obrzędów. Pracując na tym urzędzie przyjrzał się wielu nieprzyzwoitościom i naciąganiach przy wynoszenie na ołtarze poszczególnych zasłużonych, choćby za same fundacje kościołów czy zakonów. Oprócz tego cały wiek XVII był chyba najbogatszym w procesy kanonizacyjne, a ocena świętości kandydatów stawa się marginalna, co krytykowali zarówno filozofowie i światli z kręgów protestanckich i katolickich. Benedykt XIV zreformował więc całą procedurę i na tyle ją utrudnił, że za jego życia nikt nie otrzymał statusu świętości.
Dopiero po śmierci Benedykta XIV w roku 1758, akademicy wszystkimi siłami i kosztami postanowili poprzeć tę sprawę. Klemens XIII inaczej od swojego poprzednika myślał- jego życzeniem było jak najwięcej kanonizować świętych, lecz Kongregacja ds. Obrządków trzymała się ściśle reguł Benedykta XIV.
Sprawa bł. Jana Kantego z tej strony najlepsza, że w niej dowodzono tak dawną cześć od ludu, życie jego pełne cnót i pobożności, nie zbywało nawet na cudach, które fizycy i doktorowie za prawdziwe uznali.
Nie chodziło więc o to , czy ma być świętym, ale o dowody, czy wart być doktorem kościoła: wypadało więc złożyć jego dzieła teologiczne i komentarze do Pisma Świętego. Sprowadzono wszystkie autografy, komentarze i manuskrypty do Rzymu, które tak niepomyślny sprawiły skutek, że zamiast kanonizacji ledwie nie wypadł dekret zdjęcia z ołtarza zwłok i pogrzebania ich haniebnie jako heretyka. Czemuż taki obrót przyjęły sprawy?
Otóż, kiedy żył Jan Kanty, zanim doszło do Soboru w Konstancji, Kościołem Powszechnym próbowało rządzić aż trzech patriarchów: papież, rezydujący w Rzymie, w osobie Grzegorza XII, oraz dwaj antypapieże: Jan XXIII urzędujący w Pizzie i Benedykt XIII sprawujący rządy w Awinionie. Był to okres Wielkiej Schizmy Zachodniej. Polityka panującego wówczas Władysława Jagiełły opierała się na poparciu dla antypapieża Jana XXIII, choć sam król jak i Akademia Krakowska byli za rozwiązaniem sprawy na soborze powszechnym. W podobnym kierunku szły też rozważania teologiczne Jana z Kęt, który co prawda mówił, że wszyscy mieniący się być papieżami powinni być z urzędu złożeni i osądzeni. Sobór w Konstancji zwołało dzięki zabiegom cesarza, króla polskiego i francuskiego. W wyniku ustaleń i przebiegu zdarzeń Jan XXIII zbiegł, Benedykta XIII obłożono ekskomuniką, a papież Grzegorz XII podał się do dymisji (była to druga abdykacja papieża w historii kościoła). Wybrano nową głowę kościoła powołując na kurię rzymską Marcina V. Ten jednak po objęciu władzy wydał bullę, w której wszelkie dekrety soboru uznał za bezprawne. Akademia paryska i krakowska pozostały jednak przy nauce soborowej, co narażało je szykanowania; tym samym nauki Jana Kantego szły w kierunku postanowień konstancjańskich, a nie bieżącej polityki Marcina V. U papieża musiał interweniować sam monarcha celem zażegnania sporu.
Czas zatarł wszystkie kłótnie i zatargi, manuskrypty Jana Kantego nie były więcej czytane. Jednak ubiegając się doktorat dla polskiego świętego posłano je do Rzymu w mniemaniu, że tak święty człowiek nie mógł nic napisać przeciw władzy papieskiej; lecz jak tylko dostały się do kongregacji obrządków jak postrzeżono w nich propozycje, które teologowie rzymscy heretyckimi określili, kongregacja zgodziła się, że Jan Kanty nie tylko dostojności doktora kościelnego dostać nie może, ale nadto powinien być wymazany ze spisu błogosławionych, a zwłoki jego mają być wyrzucone z kościoła. Polska delegacja poniosła druzgocącą klęskę.
Wyznaczony z ramienia Akademii, jako plenipotent, stojący na czele poselstwa polskiego- Żołędziowski, dowiedziawszy się o takim obrocie sprawy, zaczął z rzymskimi prawnikami dochodzić, cóż należy uczynić z takim problemem. Kosztowne były obrady i pomysły dla krakowskiej uczelni, jednak uradzono, żeby wykazać, iż manuskrypty mające w sobie źdźbło heretyzmu nie są autorstwem Jana z Kęt.
Najpierw przez dziesięć lat pracowali akademicy by z Jana uczynić doktora kościoła, a później kolejnych sześć by dowieść by dowieść, że niektóre pisma nie są jego autorstwa. W końcu niechciane komentarze przypisano Janowi z Warty. Dodatkowo przedstawiono dokumentację kolejnych cudów, które miały miejsce za sprawą uczonego. W bulli kanonizacyjnej wymienia się cuda, które przyjęto do kanonizacji. Są to cztery uzdrowienia beznadziejnie chorych (trzyletniego Sebastiana Luzarka i osiemnastoletniej Jadwigi Paskówny z Krakowa, Marianny Gawlickiej, gospodyni domowej z Szalowej k. Gorlic i Antoniego Oleksowicza, grabarza z Szalowej) oraz cudowne uratowanie od śmierci Teresy Chylińskiej z Żywca, tonącej w nurtach rzeki Soły. Cudowne uzdrowienia zdarzyły się też w Szalowej. Świadkowie procesu z 1687 roku stwierdzają istnienie w tamtejszym kościele cudownego obrazu św. Jana Kantego, przy którym została uzdrowiona nie mogąca chodzić Justyna Krupecka, żona organisty z Bobowej. Akta przewodu kanonizacyjnego wymieniają oprócz obrazu w Szalowej jeszcze inne cudowne wizerunki: w Kętach, Bobowej i w Olkuszu.
Zanim doszło do kanonizacji, papież Klemens XIII, na prośbę króla polskiego Augusta III Sasa, wpisał błogosławionego wówczas Jana na listę patronów Rzeczypospolitej pod rokiem 1737. Po tych wszystkich perturbacjach Jan Kanty został kanonizowany przez papieża Klemensa XIII w dniu 16 lipca 1767 roku. W bulli kanonizacyjnej papież napisał:
„W jego słowach i postępowaniu nie było fałszu ani obłudy: co myślał, to i mówił. A gdy spostrzegł, że jego słowa, choć słuszne, wzbudzały niekiedy niezadowolenie, wtedy przed przystąpieniem do ołtarza usilnie prosił o wybaczenie, choć winy nie było po jego stronie. Codziennie po ukończeniu swoich zajęć udawał się z Akademii prosto do kościoła, gdzie się długo modlił i adorował Chrystusa utajonego w Najświętszym Sakramencie. Tak więc zawsze Boga tylko miał w sercu i na ustach”.
Kolegiata świętej Anny stanowi swoiste mauzoleum świętego. W prezbiterium sceny z życia patronki według Ewangelii świętego Mateusza, którą duchowny kopiował. W transepcie po prawej stronie konfesja świętego Jana z Kęt wzorowana na watykańskim grobie świętego Piotra według Berniniego. Ołtarz ten powstał w latach 1695-1703, był dziełem rzeźbiarza Kacpra Bażanki podług rysunków, nadwornego malarza Jana III Sobieskiego- Jerzego Eleutnera Szymonowicza Siemiginowskiego. Na mensie ołtarzowej ze sztucznego marmury spoją postaci będące wyobrażeniem czterech pierwotnych wydziałów Akademii. I tak prawo, teologia, medycyna i filozofia dźwigają na swych barkach sarkofag z relikwiami niedoszłego doktora kościoła, na nim putta adorują apokaliptycznego Baranka Bożego w złotej glorii. W narożach ołtarza cztery kręcone kolumny, które po warszawskiej kolumnie Zygmuntowskiej są najwyższymi w Polsce kolumnami-cokołami, więc nie podtrzymują one baldachimu, a są postumentami dla czterech Janów: Jana Chrzciciela, Jana Ewangelisty, Jana Chryzostoma oraz Jana Damasceńskiego. Mamy więc tu dwóch Janów kościoła zachodniego i dwóch reprezentujących kościół wschodni. Trudno powiedzieć skąd taka konfiguracja. Być może chodziło jedność kościała zachodniego i wschodniego , a może dlatego, że Jan Chryzostom słynął z umiejętności oratorskich, a Jan Kanty był kaznodzieją, zaś ksiądz Sebastian Sierakowski, twórca ideologicznego przesłania w kościele był tłumaczem „Żywota Barlama i Jozafata” wiązanych z Janem Damasceńskim. Interpretacja może być dwojaka. W czasach późniejszych na mensie ołtarza ustawiono popiersie świętego Jana z Kęt, wykonane z białego marmuru kararyjskiego, dłuta Franciszka Wyspiańskiego- ojca Stanisława. Całość nakrywa kopuła w której znajduje się przedstawienie świętego Jana Kantego w chwale, zaś na ścianach polichromie wyobrażające sceny z legend o świętym: podarowanie płaszcza żebrakowi, zwrot owego płaszcza przez Madonnę i święty Jan Kanty kontemplujący ewangelię świętego Mateusza i historia z rozbitym dzbankiem. Wszystkie pędzla Inocentego Monti. Naprzeciw mauzoleum, w lewym ramieniu transeptu umieszczono kaplicę Świętego Krzyża, która stanowi jakby odrębną architektonicznie świątynię. W ołtarzy płaskorzeźba stiukowa przedstawiająca zdjęcie z krzyża, które jest adorowane przez posągi świętych Weroniki i Longina, nad nimi wszystkimi czuwa Bóg Ojciec w złotej glorii z aniołami. Ściany pokrywają malowidła związane z krzyżem, przedstawiające: odnalezienie krzyża przez cesarzową Helenę i podwyższenie krzyża przez cesarza Konstantyna. Całość dopełniają dwa starotestamentowe przedstawienia: mojżeszowego miedzianego węża i ofiary Abrahama będące symboliczna zapowiedzią męki pańskiej.
Jan z Kęt- teolog, filozof, interpretator pism, zamiłowany w świętym Mateuszu. Pośmiertnie wielbiony przez wszystkie kierunki akademii, oddany czuwaniu nad nim swym patronom- Janom. Urodził się i zmarł w piątek- dzień męki pańskiej i po śmierci ją wiecznie adorujący, ołtarz Jana zwrócony ku ołtarzowi krzyża.