Najstarszym w tym miejscu, znanym reliktem zabudowy był niewielki dom , na rzucie prostokąta o wymiarach sześć na osiem metrów położony w centralnej części narożnej działki, nieco oddalony od płyty rynku. Był to budynek jednopiętrowy, postawiony z kamienia, z oknami zwróconymi do podwórka. W pierwszej połowie XIV wieku wybudowano obszerny dom od strony rynku i włączono doń wcześniejszą zabudowę. Obecna, niezwykle obszerna i reprezentacyjna zabudowa powstała z połączenia trzech kamienic: Cyglarowskiej, Kortynowskiej i Ryntowskiej.
Kamienica Cyglarowska
Znajdowała się na posesji południowej, pochodziła z początków XIV wieku. Typowa, jedna piętrowa zabudowa przyrynkowa należała do rodzin mieszczańskich, między innymi Cyglerów. Dopiero w XVII wieku nadbudowano drugie piętro i połączono wszystkie kondygnacje klatką schodową oświetlaną latarnią znajdującą się na szczycie. W roku 1741 została zakupiona przez jezuickie Arcybractwo Miłosierdzia.
Kamienica Kortynowska
Była domem narożnym z ulicą Szewską. Należała do jednego z najbogatszych kupców krakowskich, ławnika Sądu Wyższego Prawa Niemieckiego – Rudolfa Cortini. Jednopiętrowa zabudowa, nakryta dachem szczytowym, przetrwała w swym średniowiecznym charakterze aż do początków XVIII wieku. Mimo, iż w 1681 roku zabudowę zniszczył pożar, to odbudowano ją w dawnym stylu. Być może brak funduszy spowodował zaniechanie realizacji barokowej. W 1733 roku zakupiona została przez Arcybractwo Miłosierdzia. Trzy lata później została częściowo zniszczona przez wybuch prochu składowanego tu przez przejezdnego kupca.
Kamienica Ryntowska
Dom ten znajdował się od strony ulicy Szewskiej. Jego nazwa pochodziła od nazwiska XVII wiecznych właścicieli – rodziny Ryntów. Zabudowa miała swoją genezę w XIV wieku jako jednopiętrowy budynek. W wieku kolejnym dodano przedproże, a w następnym lekką renesansową fasadę. Od 1736 roku dom był opuszczony i zaniedbany.
Pałac Małachowskich- zabudowa scalona.
Wszystkie trzy budynki scalono w jedną całość po roku 1736 dla Arcybractwa Miłosierdzia, które etapowo wykupiło poszczególne posesje. Poszczególne domy zostały połączone, zachowano jednak pierwotny układ parterów. Około 1795 roku gmach zakupił Piotr Małachowski – wojewoda krakowski. Przekazał go w testamencie swojej żonie – Tekli z Wodzickich, a ta z kolei, swojemu bratu hrabiemu Józefowi Wodzickiemu. W rekach rodziny pozostawał do 1911 roku.
W roku 1809 gmach został przebudowany przez Feliksa Radwańskiego Starszego, z tej przebudowy zachowała się klasycystyczna fasada budynku ożywiona motywem orłów napoleońskich.
Już od początku XIX stulecia w pałacu znajdował się „wielki handel komisowy towarów angielskich” Rudolfa Jenny i Henryka Aebli. Tradycje handlowe dom utrzymywał aż do XX wieku. W czasie okupacji niemieckiej budynek pełnił rolę kwatery wojsk okupacyjnych. W latach 90 XX wieku parter oraz piwnice adaptowano dla amerykańskiej restauracji McDonald’s, wówczas odsłonięto, w piwnicy, relikty najstarszej budowli. Wewnątrz zachowały się drewniane stropy, barokowe portale i XIX wieczne malowidła w stylu pompejańskim.
To przed tym pałacem w dniu 24 marca 1794 roku swoją słynną przysięgę złożył Tadeusz Kościuszko