W krakowskim, kazimierskim kościele pod wezwaniem świętej Katarzyny, ukryty na krużgankach, znajduje się grób Izajasza Bonera, augustaińskiego zakonnika, zwanego błogosławionym.
Rodzina Bonerów miała przybyć do Krakowa z miasta Landau, założonego około 1260 roku w nadreńskim Palatynacie. Ród ten nie miał nic wspólnego z włoskim rodem Bonerów, kupców krakowskich, których nagrobek znajduje się w Kościele Mariackim. Samo określenie nazwiska „Boner” zostało po raz pierwszy użyte dopiero, przez Macieja Miechowitę, w wieku XVI.
Zgodnie z przekazywaną tradycją niejaki Jan Ilbrid Boner – rycerz, miał przybyć do Krakowa w roku 1363 na ślub wnuczki króla Kazimierza Wielkiego. Szybko zadomowił się w kraju Piastów, uzyskał królewską nobilitację, zakupił dobra w Ogrodzieńcu i wżenił się w polskie rodziny rycerskie. Jego potomkowie i bracia wiązali się z Lanckorońskimi, Tęczyńskimi, Dębińskimi i Firlejami.
Jeden z jego potomków, niejaki, Florian Boner pojął za żonę Bronisławę z Lanckorońskich, potomkinię słynnego Zbigniewa z Brzezia, dowódcę 36 chorągwii w bitwie pod Grunwaldem. Jego pozycja społeczna i majątkowa pozwoliła mu nawet zasiąść na stanowisku rajcy krakowskiego. Oboje małżonkowie zamieszkali w swej kamienicy przy ulicy Grodzkiej. W grudniu, 1399 roku, urodził się im syn, któremu nadano imię Fryderyk, lub Ambroży. Różne źródła różnie podają. Nic to, gdyż syn ten będzie znany wszystkim jako Izajasz. Wychowaniem młodego Bonera zajmowała się matka. Chłopiec został posłany do jednej z parafialnych szkół, być może tej mieszczącej się na Małym Rynku.
Wiadomym jest, że w 1419 roku wstąpił do klasztoru Augustianów na Kazimierzu, czyli jakieś podstawy edukacji mieć musiał. Wówczas przy święceniach przyjął imię Izajasz, nawiązując do starotestamentowego proroka. Przez okres nowicjatu kultywował życie ascetyczne. Spał na gołej podłodze, ciągle pościł, chodził boso, nawet w zimie, i często się biczował włosiennicą, co, akurat, było powszechne w dobie średniowiecza.
Po odbyciu nowicjatu został skierowany na studia teologiczne do włoskiej Padwy. Był rok 1422. We Włoszech przebywał do roku 1438. Przez wiele lat edukacji zdobył wyśmienite wykształcenie. Po dwóch latach uzyskał tytuł lektora teologii i przydzielono mu obowiązek prowadzenia kursów teologicznych. Później uzyskał tytuł bakałarza, czyli magistra teologii. Do Krakowa zawitał ponownie w 1438 roku, gdzie w augustiańskim studium zakonnym powierzono mu prowadzenie wykładów z zakresu teologii. Po trzech latach wstąpił do Akademii Krakowskiej, około 1443 roku podjął studia. Nigdy nie ubiegał się o tytuł doktora, choć jego dokonania na polu teologicznym i wiedza jaką zdobył zarówno w Padwie, jak i w nadwiślańskim grodzie zapewniłyby mu taką drogę naukową. W roku 1447 został profesorem krakowskiej wszechnicy, jednocześnie prowadząc działalność kaznodziejską w kazimierskim kościele Augustianów.
Zgodnie z przekazami, miał istny talent oratorski. Kiedy tylko przemówił do wiernych z ambony wzruszał ich do łez. W owym czasie takie spektakularne kazania były w modzie. W roku 1453 w Krakowie zjawił się Jan Kapistran, który porywał tłumy na krakowskim rynku, potem jego uczeń – Szymon z Lipnicy czynił dokładnie to samo. Swojego kaznodzieje mieli też i wierni podwawelskiego miasteczka – Kazimierz.
Jego kazania miały silny moralizatorski charakter. Ganił wszelki występek, zbrodnie, lenistwo i cudzołóstwo, namawiał do pomocy biednym, uciśnionym a nawet dziewkom wszetecznym, które chciały odstąpić od cudzołóstwa. Nie poprzestawał na samej modlitwie i kazaniach wygłaszanych z ambony. Czynnie brał udział w życiu ówczesnego Kazimierza. Dbał o ubogich, kalekich, a nawet o dziewki wszeteczne, które szukały pomocy, potrzebnej w zmianie profesji.
Pełnił działalność edukacyjną: zreorganizował kształcenie nowicjuszy w rodzimym zakonie, założył w nim również skryptorium.
Przypisuje mu się autorstwo kilku traktatów teologicznych, miedzy innymi „O Najświętszej Trójcy” oraz komentarz do Sentencji Piotra Lombarda, jednak prawdopodobnie żadne z jego dzieł nie zachowało się do naszych czasów.
Wszelkie wskazówki świadczą o tym, że święci krakowscy żyjący w ciągu XV wieku znali się i utrzymywali przyjazne kontakty.
Jednym z nich był Izajasz. Pozostała jedna przypowieść, która fakt ten ma obrazować. Pewnego dnia Jan Kanty podarował kosz jabłek Szymonowi z Lipnicy, ten przekazał go i posłał go Izajaszowi, który oddał jabłka Michałowi Giedroyciowi. Michał kosz podarował Świętosławowi Milczącemu, który oddał je Stanisławowi Kazimierczykowi, a ten odesłał je Janowi z Kęt. Tak oto kosz owoców obiegł wszystkich, krakowskich świętych.
Kiedy w 1443 roku Kraków nawiedziło trzęsienie ziemi i zniszczeniu uległ kościół świętej Katarzyny, razem z współbraćmi pomagał przy jego odbudowie. Legenda głosi, że to, miedzy innymi, z jego inicjatywy powstał na krużgankach kościoła fresk „Misericordia Domini”. czyli narzędzia Męki Pańskiej. Malowidło przedstawia Jezusa wychodzącego z trumny, nad którą stoi Maria, a adorują ich aniołowie trzymający narzędzia męki, czyli koronę cierniową, włócznię, gwoździe i krzyż.
Inna legenda mówi, że Izajasz modlił się do Matki Boskiej Pocieszenia, w kaplicy znajdującej się na kościelnych krużgankach. Jednak samo malowidło i kaplica powstały o wiele później, więc ta okoliczność pozostaje jedynie w sferze legend.
Na dziesięć lat przed przed śmiercią Izajasz, około 1461 roku, miał mocno podupaść na zdrowiu. Wszyscy współbracia myśleli, że to jego ostatnie chwile. Ten jednak we śnie zobaczył wspomnianą Matkę Boską Pocieszenia w towarzystwie patronów Królestwa Polskiego, która mu powiedziała, że choroba go opuści i żył będzie jeszcze 10 lat.
Ostatnie lata życia spędził na działalności kaznodziejskiej. Jak wspomina Maciej Miechowita, był on zwolennikiem nauki świętego Augustyna. Kiedy pełnił rolę profesora akademickiego miał często powtarzać słowa: „Tempus breve- iudicium difficile” czyli „Czas krótki- sąd ciężki”.
Stary, liczący ponad siedemdziesiąt lat, schorowany, zmarł w dniu 8 lutego 1471 roku, po wcześniejszym przyjęciu sakramentów i pożegnaniu się ze współbraćmi. Został pochowany w kaplicy pod wezwaniem Świętej Doroty, gdzie spoczywał do 1633 roku. Izajasz zmarł w powszechnej opinii świętości, jako osoba współczująca, dobrodziej chorych i ubogich, jako kaznodzieja porywający serca. Zrazu u jego grobu zaczęły dziać się cuda.
Przytoczmy kilka znaków, o jakich mówi zachowana tradycja i historiografia.
W roku 1602, 7 października Joachim Fox, radny kazimierski, modląc się u grobu świętego uzyskał uzdrowienie z epilepsji. W ramach wotum ofiarował datek na odprawienie mszy i zakupił do kościoła dwie świece pszczele.
W natępnym roku, 1603, niejaki Piotr Janocki młodzian wyzdrowiał z ciężkiej choroby. W podziękowaniu i ten zakupił mszę i dwie świece woskowe.
Anna Niedzielanka 10 lutego 1605 roku, konająca w wyniku ciężkiej choroby została złożona u grobu Izajasza, po czym cudownie ozdrowiała i jako pierwsza złożyła w ofierze, nie świece, a tabliczkę dziękczynną.
W tym samym, 1605, roku dwie niewiasty wszeteczne, słysząc o tym słudze Bożym przyszły do kazimierskiego kościoła i stanąwszy na płycie grobowej doznały takiego zatrwożenia, iż z grobu zostały strącone, z wielkim krzykiem uciekły, ale profesję swą porzuciły. Podobny przypadek miał mieć miejsce w 1607 roku. 15 lutego 1607 roku, syn Hieronima Lazarowskiego, od wielkiej choroby został uwolniony.
Dnia 8 marca tego samego roku, Jadwiga małżonka Szymona mieszczanina kleparskiego, przez długi czas bez pokarmu i napoju zostając już konała, lecz skoro ją do grobu bł. Izajasza ofiarowano i Mszę w jej intencji odprawiono, ozdrowiała, z dziękczynieniem „ślubnię” swoją na ścianie za odzyskane zdrowie zawiesiła.
W roku 1608 d. 19 czerwca Wawrzyniec Sułkowicz młodzieniec, jadąc z Brześcia litewskiego do Krakowa, z wielkiego upału słońca zachorował na zapalenie mózgu, następnie na silną gorączkę, która mu bliskim zagroziła zgonem, ale poleciwszy się Bogu za przyczyną błogosławionego Izajasza, zdrowy przyjechał do klasztoru krakowskiego ojców Augustynów.
W tym samym roku, 31 grudnia Regina Zalacka z Kazimierza, bardzo długim i ciężkim połogiem uciskana, porodziła dziecię nieżywe. Ten wypadek niezmiernie zasmucił biednego wprawdzie, ale pobożnego jej małżonka, że dziecię bez chrztu umarło; udał się zatem do Boga z całym swym domem u grobu Izajasza, ofiarując woskową ślubnię w postaci nieżywego dziecięcia; w tym samym czasie dziecię poczęło oddychać, ziewać i podobieństwo płaczu wyrażać, żyło przez trzy godziny, i z wielką rodziców pociechą zostało ochrzczone, przy chrzcie, na pamiątkę dano mu imię Izajasz.
W roku 1609 d. 3 sierpnia, o godzinie 10 z rana, czteroletni chłopczyk, syn Józefa Tyrańskiego, budowniczego na Kazimierzu, igrając z drugimi dziećmi na brzegu Wisły, która wtenczas bardzo była wezbrała, wpadł w bystro płynącą rzekę, a ta zaraz uniosła go z sobą, i nagle zniknął sprzed oka ludzkiego. Zakonnice Koletki z kościoła świętej Agnieszki, spostrzegłszy to z okna, padły na kolana, prosiły Boga za przyczyną błogosławionego Izajasza o ratunek dziecięcia, bo ten wypadek zdarzył się naprzeciw kościoła świętej Katarzyny; w tym momencie na środku szeroko rozlanej Wisły ukazało się dziecię, wznak aż pod most płynące już nieżywe. Wszakże, gdzie nie było spiesznego ratunku, tam sama woda wyniosła martwe dziecię do brzegu. Matka dostawszy nieżywe dziecię, zaniosła je do grobu bł. Izajasza, z mocną ufnością i prośbą, by za jego przyczyną Bóg raczył przywrócić życie dziecięciu. W obecności znacznie zgromadzonego ludu, Bóg cudowny w Świętych swoich ożywił to pacholę, które dorósłwszy do lat, często potem młodzieniec ten osobiście zwiedzał grób Izajasza; długo żył pobożnie, i na tablicy odmalowany ten wypadek u grobu zostawił.
7 listopada 1621 roku, niejaki, Wawrzyniec Szafraniec szlachcic, paraliżem tknięty, długi czas ponosił tę chorobę; kazał się przynieść do kościoła świętej Katarzyny, przed obraz Najświętszej Panny Marii; długo się z wielką ufnością modlił blisko grobowca Izajasza, około jedenastej godziny kazał się położyć krzyżem na ziemię; a kiedy miał wstać z modlitwy, nagle uczuł w sobie władzę i moc, której przedtem zupełnie był pozbawiony; wstał o własnej sile i poszedł do domu uzdrowiony. Na podziękowanie za odebrane od Boga dobrodziejstwo zakonnicy odśpiewali „Te Deum Laudamus”, a na obrazie odmalowana została tego cudu pamiątka.
Takich przypadków przytaczają kazimierskie kroniki o wiele więcej. W związku z tym już w pocżątku XVII stulecia podjęto próby o wszczęcie procesu beatyfikacyjnego tutejszego zakonnika, jednak nie przynosiły one spodziewanych skutków. W roku 1633 biskup krakowski zezwolił na podniesienie relikwii Izajasza Bonera. W kolejnym wieku, dokładnie w 1766 roku, przeor Augustianów – Liberat Wolski ufundował błogosławionemu mauzoleum.
Relikwie zostały przeniesione do specjalnego grobowca na krużgankach kościoła świętej Katarzyny. Drewnianą trumnę podtrzymują Augustianie ubrani w białe, paradne habity. Na trumnie umieszczono postać Izajasza w glorii. Wokół konfesji stoją kolumny zwieńczone ognistymi wazonami symbolizującymi miłość do Stwórcy. Na ścianie mauzoleum znajduje się średniowieczna, kamienna płyta nagrobna, którą przez wiele lat utożsamiano z pierwszym grobem błogosławionego. Dopiero w XX wieku stwierdzono, że pochodzi ona z anonimowego nagrobka kobiecego. Taka pomyłka wynikała z związku z nieumiejętnością odczytania epigrafiki w wieku XVIII.
W XIX wieku, ponownie zapocżątkowano proces beatyfikacyjny Izajasza, który przerwany został w latach pięćdziesiątych XX stulecia. W 1996 roku, kardynał Franciszek Macharski, wznowił ten proces i zatwierdził publiczny kult Izajasza Bonera.